Gérard Pesson est né en 1958 à Torteron (Cher). Après des études à La Sorbonne puis au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, il fonde en 1986 la revue Entretemps. Il est pensionnaire à la Villa Médicis de 1990 à 1992, obtient en mai 1996 le prix de la Fondation Prince Pierre de Monaco, le Prix musique de l’Akademie der Künste de Berlin en mars 2007, ainsi que le prix musique de la SACD en 2017. En 2019, il reçoit le prix Arthur Honegger et l’Académie Charles Cros lui décerne le Grand Prix du président de la République pour l’ensemble de son œuvre.

Le Festival d’Automne à Paris lui consacre, lors de son édition 2008, un portrait en 19 œuvres, dont Rubato ma glissando avec l’artiste Annette Messager. 
L’édition 2016 des Wittener Tage für neue Kammermusik lui consacre un portrait en trois concerts dont deux créations. 
La ville de Paris lui passe commande d’un cycle de « 104 actions musicales » à l’occasion de l’inauguration du lieu de création contemporaine le Centquatre, œuvres créées par divers ensembles et musiciens d’octobre 2008 à juin 2011.

Son opéra Pastorale, d’après L’Astrée d’Honoré d’Urfé, commande du Staatstheater de Stuttgart, a été créé en version de concert en mai 2006, puis donné dans une mise en scène de l’artiste vidéaste Pierrick Sorin au Théâtre du Châtelet à Paris, en juin 2009. 
Son troisième opéra, Trois contes, sur un livret et dans une mise en scène de David Lescot, a été créé en mars 2019 à l’Opéra de Lille qui l’avait commandé et pour lequel ils obtiennent le Prix de la critique.

Après les Trois cantates, pour voix, ensemble et électronique (sur des poèmes de Mathieu Nuss, Elena Andreyev et Gerard Manley Hopkins), l’IRCAM lui commande une « musique fiction », Un pas de chat sauvage, d’après un texte de Marie NDiaye pour le Festival Manifeste 2021, repris en 2022.

Sa discographie comprend neuf disques monographiques parus entre 1996 et 2021. Les plus récents : trois disques monographiques par l’Ensemble Cairn et l’Instant Donné (2018) ainsi que, en janvier 2020, sous le label Erato, son concerto Future is a faded song, écrit à l’initiative du pianiste Alexandre Tharaud qui l’a créé en novembre 2012 à la Tonhalle de Zurich. L’intégrale de ses quatuors à cordes par le quatuor Diotima est parue chez Naïve en 2022.

Il a publié en 2004 aux Éditions Van Dieren des extraits de son journal, Cran d’arrêt du beau temps.

Gérard Pesson est professeur de composition au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris depuis 2006.

Sa musique est éditée chez Henry Lemoine et Maison Ona.